환경부에서 구성-운영하는 자연 환경 조사단은 국립 환경 연구원내에 총 약 15명 규모(7-8인의 박사급 연구원 포함)의 인력으로 구성-운영되었으며 실제 현장 조사에는 약 200여 명의 전국 대학 교수 등 관련 전문가가 참여하였고, 겨울을 제외한 3계절에 걸쳐 수행되었다.

이 사업은, 1986년 시작되어 현재까지 3단계 사업을 끝내고 4단계 사업을 준비 중이다. 지금까지 투입된 예산 내역을 보면, 1986년에서 1996년에 수행된 1단계 사업에 총 20억 원이 투입되었다. 2단계(1997-2003년 수행, 7년)에서는 총 145억 원의 책정 예산 중 122억 원을 집행하였고, 2004년에서 2005년에 걸쳐 수행된 2단계 보완 조사에서는 총 29억 원(연 14.5억 원)의 예산을 투입하였다. 3단계(2006-2008년)에서는 연 27억원('06년, DB구축을 위한 예산 3억 원 포함)이 투입되었고, 특별히 1, 2단계에서 수행된 해양조사 내용이 3단계에서는 배제되었다.

전국자연환경조사사업을 위한 조사지침서는 사업시행 초기 1년 동안에 작성되었고, 각 사업 단계별로 조사지침서가 개정되었다. 예산/인력 등 현실적인 문제로 조사지침서와 실제 조사내용이 불일치하는 경우가 많았지만, 3단계 사업에서는 계획과 실제 조사 내용이 최대한 일치하도록 현실적인 계획서를 작성하였다. 즉, 도출된 조사 자료는 5등급으로 나누어 작성되었고, 데이터 수정과 DB/GIS(생태도)를 갱신하는 작업도 추가로 이루어져 지금의 생태도가 완성되었다. DB/GIS(생태도) 작성의 주기는 매년 시행하는 것을 원칙으로 했다. 그러나 사업 초기에는 사업을 정착시키는 등 여러 가지 여건의 어려움으로 인해 사업시작 3년 후부터 생태도가 작성되었다. 생태도 작성의 기본 목적은 "개발 행위를 제한"하기 위한 것으로 설정되었고, 생태도 작성을 위한 DB/GIS 예산 4억원/년은 별도로 지원-운영 중이다.

권역별 기본조사

우리나라를 2개 권역*으로 구분하여 매년 1개 권역에 대해 연 1~2회 조사

* (홀수해) 서해․남해(서부)권역 / (짝수해) 남해(동부)․동해․제주권역

[조사횟수: 갯벌 1회(하계), 연안 2회(춘·하계), 수중 2회(춘·하계), 근해 1회(하계)]

중점조사

우리나라 해양생태계의 중요해역*을 정하여 매년조사

중요해역: 하구해역, 한·난류 고차해역, 기후변화 취약해역, 우수 수중생태계 해역, 사회적 이슈 및 국민 인지도 높은 해역 등

조사횟수: 갯벌 2회(춘·하계), 하구·용승 4회(춘·하·추·동), 아열대화 2회(춘·하계), 바닷새 2회(동·추계)

해양보호구역 후보지 조사

해양보호구역 지정 요청 등 조사수요 발생 시 후보지 생태계 조사

조사횟수: 긴급조사 수요 발생 시에 수행(비정기 조사)

매년 종합조사 결과를 Database로 구축하고 해양환경정보포털 Web-GIS에 갱신하여 관리하고 있으며, 해당 내용은 정책, 국제협력 및 연구 등의 목적으로 활용되고 있다.